Eine Backup Herstellung hat auch nichts gebracht. 
da fehlen genauso teilweise die Inhalte
Sind die betroffenen Inhalte PHP-Anwendungen oder Scripte? Wenn ja, scheint der lokale Apache-Server nicht zu laufen. Bitte temporär alle Sicherheitstools deaktivieren und schauen, ob es dann wieder läuft.
Vorschlag: nicht mutmaßen oder zu viel selbst verändern (und das Ermitteln der Fehlerquelle somit zu erschweren), sondern Premium-Support-Ticket nutzen.
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