Veröffentlichen immer besser über ZP. Das "Erstellen > Alle Seiten erstellen" ist dann nicht notwendig und sogar Kontraproduktiv. ZP erstellt Änderungen selbst, oder nach F6.
Vermutlich lauern in Ihrem Projekt noch irgendwo Daten der abgebrochenen PDF-Erstellung und daher scheitert diese. Genaueres könnte ich nur sagen, wenn ich mir im Rahmen eins Premium-Support-Ticket das Projekt ansehe.