Hallo,
Ursache ist hier, dass in den Layout-Einstellungen bestimmte Werte vererbt werden können. Nun werden fälschlicherweise bei Änderungen bestimmte Standar-Werte, die in der Variante eigentlich bereits geändert waren wieder neu vererbt und überschreiben bestehende Werte. Dadurch ändert sich dann z.B. die Hintergrundfarbe der Menüs etc.
Vorläufige Lösung hierfür: Die entsprechenden Werte in den Layout-Einstellungen einfach erneut auf den gewünschten Wert ändern. Wenn also z.B. das Menü plötzlich transparent ist, stellen Sie die Werte der Hintergrundfarben im Bereich "Hauptmenü" wie gewünscht ein.