Wenn Sie die Eigenschaften einer Seite zum Bearbeiten öffnen, dann können Sie in der Gruppe "Google" einen Unterordner angeben, in dem die Seite dann abgelegt wird. Also beispielsweise "intern" (ohne Anführungszeichen).
Bei importierte Dateien können Sie in der Dateiverwaltung (Website | Erweitert | Dateien) angeben, dass die Datei an einem anderen Ort abgelegt wird. Dazu einfach die Dateieigenschaften öffnen. In der Gruppe "Ausgabe" die Checkbox "Datei an einem anderen Ort veröffentlichen" aktivieren. Hier dann den Pfad zum Unterordner angeben, also beispielsweise /intern/ (mit Schrägstriche).
Nun sollte sowohl die Seite, als auch die Datei im Unterordner "intern" liegen. Diesen Ordner können Sie dann mit Hilfe der .htaccess-Datei schützen.