Das sind keine PHP-Bilder. Ausgeliefert werden schon JPG-Bilder (oder auch PNG, je nachdem welches Format genutzt wird). Nur ausgeliefert werden die Shop-Bilder von einem PHP-Skript, das benötigt wird, um die Größen dynamisch anzupassen (aber schon mit dem korrekten MIME-Type, wie jedes andere Bild auch).
Das machen auch viele andere Dienste so. Warum das von Google nicht indexiert wird, erschließt sich uns aktuell noch nicht. Da müssen wir forschen und wenn wir etwas rausfinden, können wir das Verhalten ggf. verbessern.
Mich würde interessieren, warum Ihnen beiden die Indexierung von Shop-Bildern wichtig ist?
Nutzen Ihre Kunden die Google Bildersuche um Shop-Artikel zu finden, oder was genau ist da der Hintergrund?