Hallo,
die Lizenzdaten, Pfade zu bereits geöffneten Projekten etc. wird im Settings-Ordner gespeichert.
Dieser befindet sich standardmäßig im Verzeichnis C:\Users\...\Documents\Zeta Producer 15\.
Vermutlich wurde hier durch das Klonen etwas geändert.
Bei einem anderen Kunden wurde der Settings-Ordner durch ein System-Tool immer wieder „zurückgesetzt“.
Das evtl. auch mal prüfen, indem Sie beispielsweise eine Sicherungskopie des Settings-Ordners machen.
Tritt das Phänomen wieder auf, dann die Sicherungskopie mit dem aktuellen Settings-Ordner mal vergleichen.
Zusammenfassend vermute ich hier eher ein Systemproblem.