Hallo,
ja, alle Daten die Veröffentlicht werden, werden auch benötigt. Wenn Sie am Projekt Änderungen vorgenommen haben, dann müssen Sie aber nicht jedes Mal "komplett" veröffentlichen. Es reicht, wenn Sie auf "Veröffentlichen > Website online veröfentlichen (F7)" klicken, denn dann werden nur geänderte Inhalte hochgeladen. Das geht dann wesentlich schneller.
Was die Systemseiten betrifft, so sollten Sie hier nichts ändern. Am besten Sie lassen es so eingestellt, wie es war. Der Ordner System enthält Seiten, die z.B. vom Kontaktformular benötigt werden. Beispielsweise eine Seite, die nach erfolgreichem versenden eines Formulars angezeigt wird und eine weitere, die angezeigt wird, wenn das Formular nicht versandt werden konnte. Die Suchseite ist auch hier enthalten etc. Das sind aber alles keine großen Datenmengen.
Ich nehme an, Sie hatten die Option "Seite nicht veröffentlichen" nur für die Seite (den Ordner) "System" geändert. Das betrifft dann aber nicht die Unterseiten und daher sind diese nach wie vor veröffentlicht worden.